Masa Sebelum Penjajahan
Sampai dengan tahun 1601, Bawean dikuasai oleh raja Babiliono yang menganut aliran animisme, lalu agama Islam masuk ke bawean dibawah oleh Syeh Maulana Umar Mas'ud, sejak itulah mulai berdiri pemerintahan Islam di Bawean, tapi belum ada kepastian mengenai sudah terbentuk tidaknya Pengadilan Agama.

Masa penjajahan Belanda sampai Penjajahan Jepang
Belanda masuk ke Bawean sejak tahun 1789 M, dalam tinjauan kesejarahan, sejauh yang dapat dicatat, belum ada data pasti mengenai terbentuknya Pengadilan Agama Bawean, tetapi sehubungan dengan adanya Pengadilan Negeri di Bawean pada masa pemerintahan Hindia-Belanda (Pengadilan Negeri di Bawean dihapus tahuan 1924), maka dapat diyakinkan bahwa Pengadilan Agama Bawean dibentuk berdasarkan Staatsblad 1882 Nomor 152 Surat Keputusan Raja Belanda No. 24 tanggal 19 Januari 1882, diantara data autentik yang ada dan bisa dijadikan bukti adalah adanya putusan Raad Pengadilan Agama Bawean tahun 1921, dan dari data yang ada, disebutkan bahwa Pengadilan Agama Bawean tahun 1980 diketuai oleh R.H. SJaharuddin yang menjabat sampai tahun 1901.